W praktyce jest raczej trudno – o ile w ogóle jest to możliwe – znaleźć inny projekt, który mógłby być wykorzystany do określenia tych kosztów alternatywnych. Zatem oceniana jest wartość tych zasobów, które będą wykorzystane w bieżącym projekcie.

Dla oceny alternatywnych rozwiązań istotne są tylko te zasoby, które mogą być wykorzystane w alternatywny sposób. Koszty, dla których nie jest to możliwe (tak zwane koszty zatopione) nie mogą być brane pod uwagę.

W zasadzie koszty powinny być rozważane dla całego czasu istnienia danego rozwiązania. Odnosi się to zarówno do kosztów inwestycyjnych (ponoszonych w pierwszych latach projektu), jak i do kosztów eksploatacji i utrzymania (kosztów rocznych). Z tego powodu koniecznej jest uwzględnienie zmian w poziomie cen i inflacji. Poziom niepewności takich zmian jest znaczący. Dlatego takie kalkulacje kosztów są oparte o stałe ceny w danym momencie (zwykle w roku, w którym prowadzone jest studium). Konieczne jest jednak wzięcie pod uwagę zmian względnych.

Dla każdego rozwiązania możliwe jest określenie kosztów w sposób całkowity, w wyniku czego otrzymamy rzeczywiste koszty wymagane dla wdrożenia projektu. Jednak takie sumy są raczej trudne do interpretacji, zwłaszcza kiedy badane są złożone rozwiązania. To odnosi się również do konieczności porównywania efektów różnych rozwiązań. Proste dodanie wszystkich kosztów lub średnich kosztów rocznych nie daje żadnych informacji na temat czasu w przyszłości, kiedy te koszty będą ponoszone.

Najczęściej stosowanym sposobem uniknięcia tego problemu jest dyskontowanie, dzięki któremu możemy obliczyć obecną wartość przyszłych kosztów (lub korzyści). Dyskontowanie pozwala na określenie przepływów pieniężnych w określonych latach w przyszłości i odniesienie ich do wybranego roku bazowego. W tym celu stosuje się współczynnik dyskonta, który jest wyrażany następująco:

gdzie:
df = współczynnik dyskonta
p = stopa dyskontowa (w %)
n = kolejny rok, w którym ponoszone są koszty, w stosunku do roku bazowego.

Dla przykładu współczynnik dyskonta dla kosztów, które występują w trzecim roku projektu wynosi (dla stopy dyskontowej równej 5%):

Zatem 100 000 USD, które będą wydane w roku 3 odpowiada wartości dyskontowej 88 380 USD w roku bazowym.

Zagadnieniem krytycznym jest wybór odpowiedniej stopy dyskontowej. Zależy to w znacznym stopniu od inicjatora projektu. W przypadku rządu Holandii stopa dyskontowa dla projektów rządowych jest ustalona na poziomie 5%. Wartość ta obejmuje różnicę pomiędzy stopą procentową a inflacją. Taka wartość jest właściwa również w przypadku krajów z wysokim poziomem inflacji, ponieważ również stopy procentowe będą tam wysokie. Wartość ta jest jednolita i nie uwzględnia ryzyka:

Dodatkowo przyjęto, że projekty mogą być wdrażane tylko w przypadku, gdy budżet rządowy na to pozwala.

Należy zwrócić uwagę, że sposób finansowania danego rozwiązania może skutkować różnymi efektami. Dla określenia tego typu efektów konieczny jest wgląd w koszty. W odróżnieniu od praktyki stosowanej w sektorze prywatnym, rząd holenderski nie wiąże bezpośrednio sposobów finansowania i stopnia ich pożądania. Zatem koszty odsetkowe nie są brane pod uwagę. W konsekwencji istnieje tylko pośrednie powiązanie, gdy oceniane jest finansowanie rozwiązań.